手順としてはFC2拍手ページで埋め込み用タグを生成してテンプレートに貼り付けるだけ。

注意点としては、タグ生成部分でブログサービスを選択する部分がありますが、そこにはWordPressはないので、「お使いのブログサービスがない場合こちらからURL、タイトルを入力してください。」というところから作成することになりますが（FC2ブログなどから作っても問題はないと思います。）ここで生成したタグをそのまま各記事のテンプレート部分に貼り付けるとトップページ部分にしか反応しなくなります。（若干ここでハマりました）

そこで、各記事に反応させるためにデフォルトのタグをそれぞれの記事に反応するように若干書き換える必要があります。

書き換え後のソースは以下。
<?php 〜　?>は書き換えた部分。3カ所あります。
（divタグもCSSで見た目をいじるために追加しています。）

<!-- FC2拍手タグここから -->
<div class="fc2_hakusyu">
<a href="http://clap.fc2.com/post/satorun/?url=<?php echo the_permalink(); ?>&title=<?php echo urlencode(mb_convert_encoding(the_title("","",false),"UTF-8")); ?>" target="_blank" title="拍手する by FC2"><img src="http://clap.fc2.com/images/button/white/ユーザー名?url=<?php echo the_permalink(); ?>" alt="拍手する" style="border:none;" /></a>
</div>
<!-- FC2拍手タグここまで -->

そして書き換えたソースを現在のテーマにぶちこみます。
これはほぼブックマークレット設置と同様の手順です。

ここでは、fc2_hakusyu.phpというファイルに上のタグを書いてテーマと同じディレクトリに放り込みます。

そして呼び出し部分で

<?php include (TEMPLATEPATH . '/fc2_hakusyu.php'); ?>

という感じで呼び出し。

ついでにこのテンプレではCSSに以下のような記述を追加して配置を調整しています。

fc2_hakusyu {
text-align: right;
padding: 3px;
padding-bottom: 7px;
padding-right: 12px;
}

あ、ちなみにファイルを新規作成してアップロードするときは秀丸などで文字コードをブログに合わせて保存（大概の場合はUTF-8）するのもお忘れなく。

これでめでたく拍手設置終了。
誰か拍手してくれないかなーｗ

参考
WordPressにFC2拍手を設置する | 某氏のたわごと.

2010/02/04　追記

テーマ変えたらこの方法だと動かなくなりました。テーマによって構成が違うようで、

<?php include (TEMPLATEPATH . '/fc2_hakusyu.php'); ?>

ここが動かなくなったみたい。
とりあえずソースを直貼りすればいけるけど。
えーまんどくさい。。。

プラグイン化て簡単にできんのかなー